Türkmenistanyň Ylymlar Akademiýasynyň ýapylandygy sebäpli Himiýa instituty 1998-nji ýylda Energetika we senagat ministrliginiň garamagyna berildi. Himiýa instituty 1999-njy ýylda «Gün» ylmy-önümçilik birleşigine birikdirilip, şol at bilen 2007-nji ýyla çenli Energetika we senagat ministrliginiň garamagyndaky «Türkmendökünhimiýa» Paýdarlar jemgyýetine degişli edildi.

Türkmenistanyň Hormatly Prezidenti Gurbanguly Berdimuhamedowyň 2007-nji ýylyň sentýabr aýynyň 24-ine gol çeken ýörite Karary bilen Institutyň ady we özi gaýtadan dikeldilip, «Türkmenhimiýa» Döwlet konserniniň düzümine geçirildi.

Türkmenistanyň Hormatly Prezidenti Gurbanguly Berdimuhamedowyň 2009-nji ýylyň Iýun aýynyň 12-e gol çeken ýörite № 10458 belgili karary bilen Himiýa instituty Türkmenistanyň Ylymlar akademiýasynyň düzümine geçirildi.